Die Geschichte der Kirchengemeinde Holzhausen reicht bis ins Mittelalter zurück. Bereits 1173 ist ein eigener Geistlicher in Holzhausen belegt, und die Kirche besaß früh Pfarrrechte. Nach der Reformation wurde die Gemeinde von Oesdorf aus betreut; die ursprüngliche Kirche wurde vermutlich im Dreißigjährigen Krieg zerstört. Anschließend gehörte Holzhausen über Jahrhunderte zum Kirchspiel Oesdorf.
Erst im 20. Jahrhundert entwickelte sich wieder ein eigenständiges Gemeindeleben. Mit dem Bau eines Gemeindehauses (1912/13), eines Pfarrhauses (1936) und schließlich einer eigenen Kirche nahm die Gemeinde Gestalt an. Nach dem Zweiten Weltkrieg sprach sich die Gemeinde für einen Kirchenneubau aus. Die Grundsteinlegung erfolgte 1953, die Einweihung der St.-Johannes-Kirche am 12. September 1954. Gleichzeitig wurde die evangelisch-lutherische Kirchengemeinde Bad Pyrmont-Holzhausen als selbstständige Gemeinde gegründet.
Die nach dem Evangelisten Johannes benannte Kirche wurde vom Architekten Ernst Witt entworfen und entwickelte sich zum kirchlichen Mittelpunkt der Ortsteile Holzhausen und Hagen.
